Το υποσύστημα έχει ως σκοπό τη διασύνδεση του ηλεκτρονικού καταστήματος με εξωτερικά πληροφοριακά συστήματα που χρησιμοποιεί η επιχείρηση (π.χ. ERP, CRM, εφαρμογές εμπορικής διαχείρισης ή αποθήκης, κ.λπ.) με σκοπό την ανταλλαγή πληροφορίας και την αυτοματοποίηση της διαδικασίας για την αποφυγή σφαλμάτων.
Γενικά, αφορά και υποστηρίζει, κατά κύριο λόγο, τις διαχειρίσεις:
- Προϊόντων
- Παραγγελιών
- Προμηθευτών
Η διασύνδεση στο βασικό επίπεδο γίνεται είτε με τη χρήση απλών αρχείων ASCII, είτε με αρχεία μορφής XML για πληρέστερη και ολοκληρωμένη επικοινωνία. Σε περισσότερο σύνθετες περιπτώσεις υιοθετούνται web services. Η διαδικασία διασύνδεσης μπορεί να γίνεται είτε σε πραγματικό χρόνο είτε σε προκαθορισμένες χρονικές στιγμές, είναι αμφίδρομη και δεν επηρεάζει τεχνικά τη λειτουργία του e-shop.
Όπως είναι προφανές η παραμετροποίηση της εν λόγω δυνατότητας εξαρτάται από το είδος και τις δυνατότητες του έτερου πληροφοριακού συστήματος. Το eShopkey βασίζεται σε ανοικτή αρχιτεκτονική και συνεπώς η τεχνολογία του επιτρέπει δυνατότητα διασύνδεσης είναι επιθυμητή. Επισημαίνεται, όμως, ότι έχει σχεδιασθεί και διατίθεται component (συστατικό λογισμικού) που επικοινωνεί με τα περισσότερο διαδεδομένα ERPs της αγοράς, το οποίο λειτουργεί παραμετρικά και διευκολύνει την υλοποίηση της όλης διαδικασίας.